Depuis le ralliement de la capitale au roi au début de l’année 1594, Pierre de L’Estoile est le témoin inquiet des étapes de la pacification du royaume. La réconciliation civile, acquise aussi par les armes, est fragile face aux violences populaires et légales, mais en raison également de la disette et des épidémies. Le retour à la paix dans Paris, marqué par la difficile réconciliation des communautés déchirées, contraste avec la poursuite des conflits armés dans les provinces du royaume. Devant l’incapacité de parvenir à une paix générale, Henri IV continue de négocier avec chaque ville tout en combattant ceux qui lui résistent. Alors que s’engage la guerre contre l’Espagne, cette période est aussi celle des lentes négociations menant à l’édit de Nantes et à la coexistence pacifique des deux confessions catholique et protestante. Ces années sont donc marquées par la lenteur de la sortie de guerre et par la préparation d’une sorte de refondation politique du royaume.
